（ストーリー１）
ニューヨークで悪事を働く犯罪組織フット団を追っていたテレビレポーターのエイプリル（
ミーガン・フォックス）は、ある日、強盗に入ったフット団をこらしめる何者かの姿を目撃する。数日後、エイプリルは別の現場でフット団をやっつける何者かに遭遇。撮影に成功するも、そのヒーローたちの正体は人間の言葉を話し、体長180センチもあるカメだった。
（ストーリー２）
タートルズの宿敵シュレッダー（ブライアン・
ティー）は、
マッドサイエンティストの
バクスター・ストックマン博士（タイラー・ペリー）らの協力で脱獄し、再びニューヨークを大混乱に陥れようと画策。邪悪な陰謀を阻止すべく
タートルズと仲間たちが動くものの、ミュータントに変身したビーバップ（ゲイリー・アン
ソニー・ウィリアムズ）とロックステディ（ステファン・“シェイマス”・ファレリー）が立ちはだかる。さらに世界征服をたくらむ悪の帝王クランゲが異次元から襲来し……。
